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기획처

• 전략예산팀
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교육혁신처

• 교육혁신팀
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교무학생처

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대외협력처

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입학처

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국제교류처

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• 국제학생교육센터

부속교육기관

• 교양융합교육원 - 교양융합팀
• 평생교육원 - 학사운영실
• 생태교육원

부속기관

• 학술정보원 - 학술정보팀
• 박물관
• 보건진료센터
• 금장생활관 - 관리팀
• 동국미디어센터 - 대학미디어팀
• 직장예비군연대
• 인권센터 - 행정지원팀
• 선센터

기타기관

• 학생군사교육단

교책연구기관

• 아시아연구원
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• 불교사회문화연구원

일반연구기관

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• 의학연구소
• 난치병한ㆍ양방치료 연구센터
• 임상정신약물학연구소
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